課程簡介
本課程主要目的乃介紹一些基本且常用之生化、免疫、細胞生物學及分子生物學之技術，著重原理、方法及應用，期望學生能進而運用於其口腔生物之研究，並有助於科學文獻之閱讀。內容包括細胞、細菌及病毒之培養技術，RNA、DNA及蛋白質之萃取純化及分析方法，凝膠電泳技術，聚合酵素鏈反應，DNA定序法，南方、北方及西方墨點法，RNA干擾方法，microarray及proteomics，免疫沈澱法，免疫測試方法，流式細胞儀之應用，轉殖鼠及基因剔除小鼠技術等。
生物醫學研究及論文撰寫 Biomedical Research and Scientific Writing
本課程主要目的是介紹口生所內，專任或兼任之各位老師研究之專長及目前之研究進展。並佐以科學寫作之訓練，進而使學生了解到科學文章之撰寫。
口腔醫學導論 (Introduction of oral medical science)
本課程主要提供學生有關口腔疾病與牙科醫療之基本概念。課程內容包括簡介口腔組織發育、解剖構造、口腔常見疾病及牙科治療。此外，學生可藉由對於課程所學之疾病或醫療處置提出口頭報告，對於口腔醫學相關之可能研究方向有更深入的了解。
口腔生物學專題討論(碩) Seminars in Oral Biology (Master)
口腔生物學專題討論是研究生必選課程，不僅對於同學進入實驗科學領域極為重要，亦為全所師生共同參與之核心課程。一年級同學著重於論文導讀，經由研讀及討論發表於優質期刊之研究論文，訓練同學歸納、整理、思辨及表達之能力，並藉由了解現代生物學之進展，掌握未來研究方向及激發創造力，進而能於一年級下學期末提出自己的研究方向。二年級同學則著重於研究進度報告與討論，透過同學間的觀摩與討論，以及各位老師的傾囊指導，使同學的論文能更上一層樓，並成為一年級同學的榜樣。因此，四學期的專題討論，每位同學共須作三次論文研讀報告、繳交二份書面報告、一次提出研究計畫及兩次研究進度報告。
口腔生物學專題討論(博) Seminars in Oral Biology (PhD)
為博士生必選課程，也是全所師生共同參與之核心課程。須以英語進行口頭報告，訓練同學歸納分析、獨立思辨及學術表達之能力。每學期每位修課學生皆須報告兩次，其中博一下時須提出其研究計畫，博二下乃包括一次進度報告。除了口頭報告外，尚須繳交書面報告，於課堂上參與討論及發言情形，也列入學期成績評量之項目。
高等微生物學 Advanced Microbiology
本課程主要目的希望以深入淺出之方式講述基本口腔微生物學，即使沒有修過微免之學生，也可藉本門課程，對口腔微生物有所了解。內容包括細菌結構、分類及鑑定，口中微生物之生態，牙菌斑及牙結石之形成，蛀牙、牙周病、牙髓炎之致病菌及宿主免疫系統在這些疾病所扮演之角色，病毒之結構、複製及分類，病毒進入細胞之機轉，口腔單純皰疹病毒之重要性。除此之外，並安排數次科學文獻討論，將幾個主題做更深一步之了解。
高等生物化學 Advanced Biochemistry
高等生物化學是一門針對口腔生物研究所學生所設計的課程，為大學部與研究所課程之銜接。目的是使來自不同領域之學生，在修習本課程後，均能具備從事分子生物學相關研究的基礎。因此內容是以分子生物學的觀點探討：核酸之構造，遺傳訊息之複製、轉錄、轉譯及其調控，胺基酸、蛋白質之構造及功能。除了理論介紹，還包含了各種研究方法原理之探討。
口腔癌基因體學 Genomic Studies in Oral Cancers
口腔癌基因體學是以研究口腔癌之基因體及附基因體變異為基礎，並延伸至其他腫瘤之變異，以了解基因體及附基因體層次的改變，在腫瘤生成所扮演的角色。其內容包含：基因多型性在罹癌機率、腫瘤生成及轉移、治癒率上所扮演的角色；口腔腫瘤中各種已知及未知microRNA的表現情形，與口腔癌發展的關係；多倍染色體與癌症生成的相關性及重要性；現代基因治療的策略及成效評估等主題，以論文導讀的方式進行探討。
口腔腫瘤幹細胞特論 Special Topics on Oral Cancer Stem Cells
口腔腫瘤幹細胞特論主要是以分子生物學的觀點，探討腫瘤生成過程中負責腫瘤生成的少數量腫瘤幹細胞的變化及功能。以研讀現今各相關之研究論文並進行討論，在研讀他人的研究成果時，亦能對研究方法作深入之探討。課程內容包含：各種致癌基因及抑癌基因在腫瘤幹細胞各階段所扮演的角色、化學致癌物及腫瘤相關病毒對腫瘤幹細胞的研究、腫瘤幹細胞在基因治療癌症上的應用、腫瘤幹細胞對腫瘤血管生成之調控、腫瘤幹細胞內抑癌基因甲基化及其基因表現、端粒調控與腫瘤生成等。
應用生物統計學 Applied Biostatistics
本課程旨在增進學生對統計學之理論、內涵及分析技術之瞭解。課程設計將運用實際資料分析之經驗，使學生瞭解統計之應用時機、相關的假設及限制，藉以激發學生對數據分析的興趣。課程內容包括：推論統計之概念、虛無假設之驗證與母數之信賴區間估計、相關分析、迴歸分析、變異數分析、類別資料之分析、區別分析、無母數分析等。強調學生能從實際資料分析的經驗中，應用適當的統計方法，以實證的方式驗證研究假說。
口腔分子免疫學
口腔分子免疫學主要是以分子生物學的觀點，探討免疫學在口腔生物學所扮演之角色。以現今各研究論文之結果進行討論及提報綜合結論，並佐以現今分子免疫學之新知。期在研讀他人的研究成果時，亦對研究方法作深入之探討。課程內容包含：各種基因在一般或口腔免疫各階段所扮演的分子機制、化學致癌物及口腔免疫與腫瘤相關的研究。
高等口腔病理學 Advanced Oral Pathology
本課程藉由病理學觀點及現代生物學之研究方法，對口腔之各類病變，做有系統之介紹分析。本課程將口腔疾病，分類成發育、炎性、腫瘤及代謝四大類。內容包含：淋巴介白素之作用及生化機轉、骨骼及硬組織之發育與重塑、骨生物學之發展、檳榔之毒性與毒理以及口腔癌之分子病理學。口腔生物研究所學生研習將作分子醫學之讀書報告；牙醫科學研究所學生則偏重病症實例報告與口腔黏膜疾病之分析與鑑別診斷。
高等口腔免疫學 Advanced Oral Immunology
本課程宗旨，在於教導學生由對基礎免疫學之認知，進而探討免疫機制在口腔生理及各種病理現象中所扮演的角色。授課內容包括：自然免疫(natural immunity)和特異免疫(specific immunity)系統及其作用，口腔之防衛系統，由免疫學觀點來看口腔疾病之致病機轉，如蛀牙，牙周病，口腔黏膜病變與傳染性疾病等。每週上課時數二小時，其中包括期中考，相關文獻研讀之口頭與書面報告。
高等細胞與分子生物學 Advanced Cellular and Molecular Biology
本課程為口腔生物研究所學生必修，旨在對基礎細胞之構造與分子生物功能作有系統之介紹，使本所同學能循序漸進，了解基因調控，核酸蛋白質交互作用等生命現象之基礎。課程前半部為對各細胞質、細胞膜及細胞核之構造功能之綜論，後半部則逐一對訊號傳遞、神經、免疫、發育、癌症及病毒分生等專題作深入之探討。列有教科書及講義以便預習及複習。
口腔腫瘤分子特論 Oral Molecular Oncology Journal Club
口腔腫瘤分子特論主要是以分子生物學的觀點，研究腫瘤生成過程中所發生的變化。以現今各研究論文結果之綜合報告及討論進行，在研讀他人的研究成果時，亦對研究方法作深入之探討。課程內容包含：各種致癌基因及抑癌基因在腫瘤生成之各階段所扮演的角色、化學致癌物及腫瘤相關病毒的研究、基因治療在癌症上的應用、腫瘤血管生成之調控、抑癌基因甲基化及其基因表現、端粒調控與腫瘤生成等。
高等口腔微生物及免疫學 (Advanced Oral Microbiology and Immunology)
高等口腔微生物及免疫學主要以分子生物學的觀點，探討微生物在口腔疾病所扮演之角色，並其與免疫調控的相關性。本課程以期刊閱讀為主，期藉由研讀相關科學文獻，對於口腔微生物及免疫研究方法有更深入之探討。
基因治療特論 (Special Topics in Gene Therapy)
基因治療特論目的在介紹基因治療及其在再生醫學〈特別著重骨再生方面〉的應用。課程方式主要為研讀並報告相關研究論文，再進行深入討論，探討基因治療的基本知識、研究方法及現今發展概況。課程內容涵蓋基因治療簡介、各種病毒性及非病毒性載體、不同基因治療方法、基因治療在組織再生及骨組織工程之應用等。